Die Kunst- und Wunderkammer im südlichen Dombogen geht auf eine Gründung Erzbischof Guidobald Graf Thuns (1654-1668) zurück. Hier sammelten die Erzbischöfe des 17. und 18. Jahrhunderts, was im Sinne der Zeit als exotisch, kurios und besonders kostbar galt. Nach der Säkularisation im Jahr 1803 kamen die Schätze abhanden und an Ort und Stelle blieb wenig mehr als die alten Schränke und Kästen aus dem 17. Jahrhundert erhalten. Anlässlich der Gründung des Dommuseums wurde versucht, anhand der alten Inventare die Kunst- und Wunderkammer neu einzurichten. Was heute zu sehen ist, lehnt sich thematisch an die ehemalige Sammlung an, sodass der ursprüngliche Eindruck weitgehend wiederhergestellt werden konnte.